崑山科技大學校友總會成立於民國88年，當時是由「高雄市校友會 張桂淋會長」、「台南市校友會 許至椿會長」、「台南縣校友會 林水木會長」，率領其理監事共同成立總會，並選出第一屆總會長吳永茂先生。

• 第一屆 吳永茂 總會長 (為創會會長, 時任東陽集團董事長)
• 第二～三屆 曾韋龍 總會長 (為母校董事會董事長)
• 第四～五屆 陳榮良 總會長 (福德木業董事長)
• 第六～七屆 沈尚宜 總會長 (大亞電纜總經理)
• 第八～九屆 郭海濱 總會長 (力伽實業股份有限公司董事長)
• 第十～十一屆 許幸娟 總會長 (宏盛鑫商務飯店、烏山頭湖境渡假會館 總經理)
• 第十二屆 莊旭彬 總會長 (騜瀧有限公司 總經理)